Oprichting parochie 1919, als gevolg van toename aantal katholieken van de in aanbouw zijnde Willemsparkbuurt en het noordwestelijke deel van het oorspronkelijke Plan Zuid van architect Berlage. Bouw schip 1920-’21; toren, transept, koor, pastorie en kosterswoning 1930-’32. Architect J. Stuyt (1868-1934). Ontwerp grijpt terug op de zesde-eeuwse basiliek “Sant Agnese fuori le Mura” in Rome.

In tegenstelling tot de Rozenkransparochie aan de Jacob Obrechtstraat, die vooral de elite van de stad bediende, werd de nieuwe Agnesparochie een parochie voor middenstanders. De monumentale inventaris van de kerk kwam hoofdzakelijk in de periode tussen 1930 en 1960 tot stand. Tekeningen van Stuyt geven aan dat de kerk oorspronkelijk gepolychromeerd (veelkleurig beschilderd) diende te worden; dit ging wegens geldgebrek niet door. Daarnaast werd de kerk uiteindelijk soberder afgebouwd dan zij oorspronkelijk door Stuyt was ontworpen: de vrijstaande toren werd lager en ongeleed uitgevoerd; mozaïeken/keramiekdecoraties, voorzien voor de topgevels aan de buitenzijde (zgn. tympanen), werden niet uitgevoerd.

Na jarenlange acties, tegen voorgenomen sluiting en eventuele sloop, door een zeer actief parochiebestuur, is deze uiterst belangrijke kerk in 1996 tot Rijksmonument verheven. Sindsdien hebben diverse hard nodige onderhoudswerkzaamheden plaatsgevonden, zoals de restauratie van de toren. Vanaf 2006 is deze kerk ook in gebruik voor Tridentijnse R.K. vieringen. Eind 2008 is de St. Agnesparochie, als territoriale parochie, opgeheven, en toegevoegd aan de Rozenkransparochie aan de Jacob Obrechtstraat. Dit was noodzakelijk omdat het kerkbezoek de laatste jaren enorm gedaald was. Vaak kwamen er nog geen 50 mensen naar de H. Mis. Op verzoek van Paus Benedictus XVI heeft bisschop dr. J. M. Punt van het bisdom Haarlem-Amsterdam de Agneskerk “verheven” tot personele parochie ten behoeve van de Tridentijnse Ritus. De pastorale bediening is in handen gegeven aan paters van de Petrusbroederschap. De naastgelegen pastorie is met instemming van bisschop dr. J. M. Punt bevorderd tot religieus huis (klooster) van deze orde. Om de toekomst van de kerk veilig te stellen is een stichting opgericht die zich ten doel gesteld heeft gelden te genereren voor de noodzakelijke restauratie van deze kerk. In 2012 heeft het bisdom het dak van de koorzolder laten repareren. Per 1 januari 2013 is de kerk, na bemiddeling van paus Benedictus XVI, “om niet” definitief ter beschikking gesteld aan de Petrusbroederschap. De Petrusbroederschap is vanaf deze datum volledig verantwoordelijk voor het onderhoud van de gebouwen. Het komende decennium zal de kerk gefaseerd gerestaureerd worden.

Najaar 2015 hebben diverse noodzakelijke herstelwerkzaamheden plaatsgevonden aan het dak, de voorgevel, de luidklokinstallatie en de elektriciteitsleidingen. Sinds 2013 zijn in de kerk, zowel in het middenschip als aan de koorzijde, diverse “nieuwe” altaren in gebruik genomen. In de doopkapel is een serie kleine natuurstenen kruiswegstaties geplaatst. Hiervoor is gebruik gemaakt van materialen uit buiten gebruik gestelde en/of gesloopte kloosterkapellen.