In ver verleden telde Eemnes twee katholieke kerken omdat de huidige gemeente uit twee delen bestond: Eemnes-Buiten en Eemnes-Binnen. Eemnes-Buiten kreeg de H. Nicolaaskerk, nu PKN kerkgebouw, waarvan de bouw rond 1380 gereedkwam. Eemnes-Binnen kreeg later een eigen kerk: de Pieterskerk.

De reformatie was de oorzaak van de overgang van beide kerkgebouwen naar de gereformeerden. De katholieken kerkten sindsdien in twee boerenschuren olv pastoors van buurparochies. Pas in 1675 kreeg Eemnes weer een eigen pastoor: Fulgentius Luytelaar. De katholieken van Eemnes-Binnen kerkten vanaf deze tijd in Eemnes-Buiten.

In 1744 werd er een nieuwe kerk gebouwd aan de voormalige pastorie, nu De Waker, in Eemnes-Buiten. In 1844 werd de verouderde kerk vervangen voor een nieuw gebouw: onze huidige Waterstaatskerk die in 1845 gereed kwam. Negen jaar later, in 1854, werden de twee staties van de Heilige Petrus en van de Heilige Nicolaas officieel samengevoegd tot één Parochie van de Heilige Nicolaas.