In 1341 werd het dorp Schoonebeek voor het eerst in een oorkonde vermeld. In 1549 was er ook een katholieke kerk, toegewijd aan de Heilige Nicolaas. De gehele parochie ging echter in 1598 naar de hervorming over. Het kerkje heeft nog bestaan tot 1952. Toen werd het afgebroken. In 1951 werd er door de katholieke gemeenschap een houten noodkerk gebouwd, aanvankelijk toegewijd aan de Heilige Willibrordus, maar sinds maart 1977 weer aan de Heilige Nicolaas, als voorheen. Na afbraak van de noodkerk in 1978 werd er een nieuwe stenen kerk gebouwd, die op 1 juni 1979 werd ingewijd en in gebruik genomen. Dit is de huidige kerk, gelegen aan het Spanjaardspad – hoek Kosterijweg.