De naam van De Boom gaat terug op een schuilkerk die sinds 1578 door paters franciscanen bediend werd. Deze was oorspronkelijk gelegen in een voormalige brouwerij aan de Kalverstraat nr. 215. Op deze plaats had Vroom & Dreesmann een vestiging tussen het Rokin en de Kalverstraat. In 1771 werd de schuilkerk uitgebreid naar het Rokin en vervangen door een meer als kerk herkenbaar gebouw, dat ruimte bood aan 500 gelovigen. In 1910 is deze kerk gesloten.

Na een restauratie van twee jaren, waarbij met name het dak en de muren grondig onder handen zijn genomen, is de kerk begin juni 2015 weer in gebruik gekomen.